合同档案除具有一般档案共性外，还具有以下3个独有的特点。
突出的依据凭证性
依据凭证性，是合同档案最突出也是重要的特点，意思是说依法订立的合同对当事人具有法律的约束力。合同的订立、生效、履行、变更以及权利义务的转让、终止、违约、责任等等，都必须完全地、唯一地依据合同档案，否则，就要承担由此产生的法律后果。由于具有这一作用，在市场经济体制下，合同档案时维护当事人合法权益的最直接、最有效的手段之一。这点特点需要引起广大经营者、管理部门以及档案工作者的重视。
形式与内容的规范性程序较高
合同要对当事人有法律的约束力，其自身必须具备法律规定的许可性，即对于合同本身是否具有法律效力，法律规定了特定的形式，不具备法律所要求的特定形式，该合同就不具有法律效力，视为无效合同。
在诉讼中，要证明一个合同法律效力的成立，就应当以法律要求的特定形式去加以证明。而在合同档案管理工作中经常发生的“证据灭失”问题，原因正是对合同形式与内容的规范性要求不甚了解，以致在收集、保管过程中缺失了合同档案的若干组成部分，造成合同档案法律效力的部分乃至全部的丧失，导致当事人合法权益受到损害。
时效性强
时效是一个法律术语，指时间在法律上的效力。时间本身就是一种法律事实，能够引起一定的法律后果。《合同法》《民法》等许多相关法律对在合同的要约、承诺、履行以及争议解决各个不同阶段内合同的效力以及当事人各种权力、义务的存在与消灭等均有所规定，可以说时效性特征贯穿于合同始终。
管理方法：
1、合同文档管理可以以年代结合项目性质进行分类编号。
2、保存的合同文档每半年清理核对一次，如有遗失、损毁，要查明原因，及时处理，并追究相关人员责任。
3、合同管理组要加强对合同档案的统计工作，要以原始记录为依据，编制合同统计清单。
4、合同管理组应根据实际需要编制合同档案检索工具，以便有效地开展合同文档的查询、利用工作。
5、各分公司、各部门员工可在合同档案管理组查阅合同文档，确因工作需要须借出查阅，须经分公司、部门主管领导签字同意后，方可在合同管理组办理相关借阅手续，以影印件借出。合同原件无特殊情况不得外借。
6、合同文档的保存条件：防火，防潮。
7、合同文档必须专人负责管理。